Pese a que los cobros en las matriculas están totalmente prohibidos por el Ministerio de Educación, que incluso viene movilizando a nivel nacional a la Comisión de Atención de Denuncias y Reclamos (CADER), cuya coordinadora Lic. Gladys Vigo ha manifestado que los cobros por parte la campaña “La Matrícula Escolar es única y gratuita”, en muchas instituciones educativas, como en el caso del colegio Los Naturales, se viene cobrando 25 soles de cuota de APAFA para alumnos nuevos y 10 soles para los antiguos.
Lamentablemente casi por lo general, gran parte de estas recaudaciones terminan malversándose y las directivas de APAFAS siempre tienen problemas con la comunidad educativa.
Las necesidades de infraestructura se deben gestionar ante los gobiernos locales y regionales que por su parte no saben en qué gastar el dinero que les asigna el estado y terminan devolviéndolo por falta de capacidad de gasto.
Aparte todos los padres deberán pagar en este colegio, 6 soles para ladrillos, 2 soles por cuaderno de control y 1 sol por carnet de APAFA. Aparte de las multas por inasistencias a las asambleas a razón de 10 soles cada una.