Sucedió en los días del cónclave que eligió al nuevo papa. Acusaban a Robert Prevost de haber encubierto abusos sexuales cometidos por sacerdotes, durante su tiempo en el Perú.
Esas acusaciones buscaban desprestigiarlo para impedir su elección, pero fueron opacadas por una sólida defensa por parte de su sucesor Edison Farfán, actual obispo de Chiclayo.
La periodista Paola Ugaz, dio a conocer que en su momento realizó una investigación al respecto, por la que fue víctima de persecución, pero justamente recibió el apoyo del entonces obispo Robert Prevost, que incluso llegó a firmar la expulsión de un obispo del Sodalicio; el obispo de Piura José Eguren.
Dijo que en el caso de aquella denuncia, él actuó de la forma más adecuada, brindando apoyo a las víctimas para que reciban una atención adecuada, enviar la denuncia al Vaticano y apoyar la denuncia en la Fiscalía.
